Сибирский кедр относится к однодомным, раздельнополым растениям. Одно дерево содержит как мужские, так и женские шишки. Мужские называют микростробилами, они формируются в самом основании длинных побегов, которые прирастают в текущем году. Мегастробилы (женские шишки) покрывают концы ростовых побегов после окончания их роста.
Опыление плодов происходит с помощью ветра. Женские шишки покрыты кроющими чешуями, расположенными по оси. В их пазухах располагаются семенные чешуйки, каждая из которых имеет по две семенные почки. По оси пыльниковых стробил имеются микроспорофиллы, которые начинают пылить в июне.
