Как правило, в первые часы после рождения влагалище у девочек стерильно, но уже в первые дни туда проникают лактобациллы, бифидо- и коринобактерии, а также другие бактерии, населяющие кишечник, включая кокки .
В крови новорожденной много материнских эстрогенов, поэтому клетки влагалища создают кислую среду, накапливают гликоген и затем расщепляют его до лактата. Флора по составу близка к таковой у взрослых здоровых женщин.
Через 21 день материнские гормоны выводятся, что приводит к изменению как эпителия влагалища (становится более тонким, а среда влагалища – нейтральной), так и микрофлоры: преобладают кокки, а количество лактобактерий уменьшается.